O Programa de Pós-graduação em MIcrobiologia (PPG-MICRO) está incluído na área de Ciências Biológicas III da CAPES. Esta área compõe-se de três sub-áreas (Imunologia, Microbiologia e Parasitologia), totalizando 25 Programas com Mestrado e Doutorado e 7 Cursos de Mestrado.
A cada período determinado uma comissão designada pela CAPES, constituída por um coordenador e representantes das sub-áreas, avalia os diferentes Programas de Pós Graduação. A última avaliação correspondeu ao quadriênio 2013 - 2016.
Desde sua criação, o PPG-MICRO tem mantido o conceito 4 (quatro), sendo 7 (sete) o conceito máximo. A próxima avaliação pela CAPES corresponderá ao quadriênio 2017 - 2020.